この改修工事中、本堂が骨組みだけの状態であった頃、瑞巌寺は東日本大震災に見舞われました。本堂は屋根瓦を下ろし身軽になっていたので、地震の揺れによる大きな被害を受けませんでした。また津波の被害も、参道の４分の３まで浸水するにとどまりました。地質調査や科学的な事から、松島が過去にも大きな被害を受けずに来た事は、沖に浮かぶ島々が波の力を弱めたから・・との事ですが、なにか不思議な力で守られている・・・とも考えてみたくなります。